在配准图层和参考图层上选择了足够的控制点后，选项卡中的“计算误差”按钮变亮，通过设置配准算法，可以计算所有控制点的误差。
操作步骤
- 选择配准算法 ：在“配准”选项卡“运算”组中，应用程序提供了常用的三种算法， 线性配准、二次多项式配准和矩形配准。方便用户根据实际需要，选择合适的算法，对待配准数据集进行配准操作。不同算法对于配准控制点数要求不同。有关配准算法请参考配准算法介绍。
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在“ 配准 ”选项卡的“ 运算 ”组中，点击“ 计算误差 ”按钮，进行误差计算，同时在控制点列表中列出了各个控制点的误差。这些误差包括 X 残差、Y 残差以及均方根误差，同时在配准窗口中的状态栏会输出总误差值，即各个控制点的均方根误差之和。
- X残差 是观测点与计算点在X坐标方向上的距离。
- Y残差 是观测点与计算点在Y坐标方向上的距离。
- 均方根误差：对于线性配准和多项式配准，在选择了一定的地面控制点后，都会利用均方根误差公式计算每个地面控制点的均方根误差，均方根误差公式中，x，y 为地面控制点在原始图像中的坐标，x′，y′是一次或二次多项式计算出的控制点坐标，即估算坐标。估算坐标和原始坐标之间的差值大小代表了每个控制点几何纠正的精度。
- 误差的单位和当前数据平面坐标系的单位是一致的。通常情况下，配准的精度要求是要小于0.5个像元。如果影像的分辨率是30米，那么要求总均方根误差要小于15米。
- 在配准精度的要求上，各个项目的要求是不同的。当某些控制点的均方根误差大于可接受的总均方根误差时，可以通过删除或重新编辑该控制点，减小总体均方根误差，提高配准精度的目的。此操作可通过右键菜单对控制点进行编辑和删除。
- 调整控制点位置精度，再次进行误差计算，直至误差在精度要求范围内。
- 在控制点列表中的任意位置单击鼠标右键，在弹出的右键菜单中选择“导出配准信息”命令，将所有控制点的配准信息保存为配准信息文件（*.druf）。下次使用只需要将保存的配准信息文件导入即可。有关导出配准信息文件请参见：导入/导出配准信息文件。
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计算完误差后，可以进行下面的操作，请参见：第四步 执行配准。